Đảo Hòn Nhạn cách đảo Thổ Chu khoảng 5km về phía tây nam,[9] đảo cao 23m so với mực nước biển,[2] điểm cao nhất khoảng 40m.[9] Đảo có diện tích khoảng 3,37 ha, về địa chất cấu tạo của đảo là đá trắng xếp chồng.[5] Trên đảo có một ít cây bụi, còn lại là trơ trọi đá.[9] Một số cây xanh thân gỗ do bộ đội Trung đoàn 152 của Quân khu 9 mang từ đất liền ra trồng. Các cây bao gồm bàng vuông, phong ba, cây tra, dương biển,...Mỗi tuần các đơn vị biên phòng tuần tra đều ra đây tưới cây.[10] Đảo là nơi chim nhạn kéo về làm tổ, đẻ trứng,[2] thời gian đẻ là vào mùa mưa.[6] Đó cũng là lý do đảo có tên là Hòn Nhạn.[1]